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| 번역 (2013 년 6 월 29 일 기준) | 9 |
| 플랫폼 | |
| 특허 | 오픈 소스 |
| 범주 | 과학 |
| 자세한 정보 (게시자의 웹 사이트 방문) |
| 평가: 2.8 / 5 (6 표) |
소프트웨어 개요
주요 특징
- GenBank 및 FASTA와 같은 다양한 게놈 형식 지원
- 애니메이션 확대 / 축소 및 이동으로 데이터 상호 작용
- QuickLoad 사이트에서 게놈 액세스 및로드
- 데이터를 다양한 그래프 형식으로 변환
- Dropbox를 통해 공동 작업자와 데이터 공유
- 추가 기능을위한 플러그인 설치
Integrated Genome Browser (IGB)는 대규모 게놈 데이터 세트를보고 탐색하는 데 사용되는 오픈 소스 프로그램입니다. 다양한 데이터 형식을보고 데이터와 상호 작용하며 그래프를 만들고 정보를 이미지로 저장하고 공동 작업자와 데이터를 공유 할 수 있습니다.
IGB를 사용하면 주석과 정렬 된 시퀀스의 데이터를 볼 수 있습니다. 이 프로그램은 FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband 및 GenBank와 같은 다양한 형식을 지원합니다. 데이터를 가져 와서 데이터 차이를 강조하기위한 불일치 그래프 및 적용 범위 표시를위한 깊이 그래프를 포함하여 다양한 그래프 형식으로 변환 할 수 있습니다. 또한 IGB의 확대 / 축소 및 패닝 애니메이션을 통해 데이터와 상호 작용할 수 있습니다.
IGB를 사용하면 QuickLoad 사이트에서 게놈을 액세스하고로드 할 수 있습니다. QuickLoad 사이트는 간단한 디렉토리 시스템, 시퀀스 및 시각화를위한 기타 데이터 파일입니다. IGB는 스크립트 지원을 통해 기능 및 워크 플로 자동화를 추가하는 플러그인 지원 기능을 제공합니다. 또한 IGB는 고품질 JPEG, PNG 또는 SVG 이미지로 게시하거나 데이터를 Dropbox에 저장하여 공동 작업자가 프로젝트에 액세스 할 수 있도록 데이터 공유를위한 고급 기능을 제공합니다.
IGB는 주로 대학 연구원, 생물 학자, 생물 정보 과학자들이 사용합니다. 다양한 게놈 데이터 형식을 열고, 데이터를 다른 그래프로 시각화하고, 공동 작업자와 데이터를 공유 할 수있는 고급 도구를 제공합니다. 불행하게도이 프로그램은 지속적인 개발을위한 보조금에 의존합니다. 즉, 언제든지 지원을 중단 할 수 있습니다. 그러나 Integrated Genome Browser는 여전히 게놈 데이터를 탐색하고 분석하려는 사용자를 위해 사용자 정의가 가능한 프로그램입니다.
지원되는 파일 형식
기본 파일 확장명
.XML - XML 파일Integrated Genome Browser에서 사용되는 다른 파일 확장자 9
| 지원되는 파일 형식 | |
|---|---|
| .침대 | UCSC BED 주석 트랙 파일 |
| .DAS | DeltaMaster 분석 세션 |
| .파 | FASTA 포맷 된 시퀀스 파일 |
| .FAS | FASTA 시퀀스 파일 |
| . 파스타 | FASTA 시퀀스 파일 |
| .GB | GenBank 데이터 파일 |
| .SGR | SGR 게놈 데이터 파일 |
| .USEQ | USeq 게놈 데이터 파일 |
